science-figure-for-journal

1# 图：先决定它要证明什么，再决定它长什么样
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3## 尺寸先定，字号其次，字体最后
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5期刊的栏宽是**物理量**：单栏 85–90 mm，双栏 180–190 mm。你的图必须按这个物理尺寸排版，
6然后再去看字号。
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8反过来做（先画一张 8 英寸宽的图，再在排版时缩到 85 mm）会出人命：缩放 2.4 倍后，
98 pt 的字变成 3.3 pt，印刷出来是一团灰。
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11`science_figure` 就是按这个顺序做的：`widthMm` → `fontSize`（默认 7 pt，低于 6 pt 直接拒绝）→ 出件。
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13| 预设 | 毫米 | 什么时候用 |
14| --- | --- | --- |
15| `single-column` | 85 × 60 | 单栏期刊的多数图 |
16| `double-column` | 180 × 120 | 时间序列、多面板、热图 |
17| `square` | 90 × 90 | 相关散点、混淆矩阵 |
18| `wide-short` | 180 × 75 | 时间轴上的多个条件 |
19| `slide` | 160 × 90 | 报告用，300 dpi 够 |
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21## 图型选择：别用柱状图默认一切
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23| 你想说 | 该用什么 | 别用什么 |
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25| 两组连续值有差异 | 带散点的柱图，或 `box` / `violin` | 只有两根柱子的柱图（看不出分布与 n） |
26| 同一批人两个条件 | `paired`（每人一条线） | 两个并排柱（丢掉了配对信息） |
27| 分布形状重要 | `violin` / `hist` | 只报均值±SEM |
28| 两个连续变量的关系 | `scatter` + 拟合线 | 把连续变量分箱后画柱图 |
29| 时间/序列 | `line` | 柱图（相邻时间点被视觉隔断） |
30| 生存 | Kaplan-Meier 阶梯曲线 | 柱状图比"生存率" |
31| 多变量相关结构 | `heatmap` | 一堆散点矩阵 |
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33## 误差棒：必须声明是什么
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35`science_figure` 不给你默认误差棒——`errorType` 传 `sd` / `sem` / `ci95` 才有。
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37原因很实际：三者数值差 √n 倍，读者无法从图上看出来。不说明的误差棒，审稿人一定会问，
38而且往往说明作者自己也没想清楚。
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40- **SD**：描述这批数据的离散程度。想让读者知道个体差异时用。
41- **SEM**：描述均值估计的精度。想强调"均值有多准"时用，但容易被误读成离散度。
42- **95% CI**：与假设检验直接对应（跨 0 即不显著），信息量最大，推荐。
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44图注里写清，例如："误差棒为 95% 置信区间（n = 24，bootstrap 2000 次）"。
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46## 颜色
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48默认 `okabe-ito`：8 色，色盲友好，且不依赖红绿对立。
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50不要用：红/绿配对（约 8% 男性分不出）、彩虹色图（感知不均匀，会凭空造出边界）、
51纯靠透明度区分（黑白打印后全糊）。
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53灰度检查：把图转成灰度看一眼，如果两类分不开，换调色板或换形状/线型。
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55## 文件格式
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57| 格式 | 用途 | 注意 |
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59| PDF | 投稿首选（矢量） | 字体嵌入，`pdf.fonttype 42` 已设 |
60| SVG | 需要在 Illustrator 里改 | 文字保持可编辑（`svg.fonttype none`） |
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